中央本部是整個腦葉公司的中層。
中央本部二區控制，監督所有部門。與一區相輔相成，研究各種高效的管理方法。
中央本部是整個腦葉公司的中層，它分為上下兩個區域，是整個設施的基石。中央本部的存在使得設施能夠向上或者向下擴展，它連接着公司的上層和下層，起到橋梁的作用，是一個戰略要地。中央本部有權控制，監督所有收容單元。兩個區域相輔相成，研究各種高效的管理方法。二區的員工都為自己的審美而感到驕傲，他們一天中的大部分時間都在思考明天該穿什麼款式的衣服。二區與一區在指揮權的問題上存在着微妙的鬥爭。
中央本部是你在遊戲流程里第一個遇到的相當於兩個其他部門大小的部門。當中央本部剛剛開放時，中央本部內可以部署3名員工，4名文職，並收容2個異想體。每增加一格開放程度，中央本部都能容納額外2個異想體，2名員工和4名文職。當中央本部完全開放時，它能容納總共8個異想體，10名員工和20名文職。中央本部的科技能解鎖主管使用子彈的權限，並解鎖能為員工提供吸收對應類型傷害護盾的子彈。
中央本部部門加成
中央本部的職員
文職加成
中央本部會根據中央本部文職的存活率延長逆卡巴拉能量熔毀的倒計時。
- 文職等級為1級時，逆卡巴拉能量熔毀倒計時延長3秒。
- 文職等級為2級時，逆卡巴拉能量熔毀倒計時延長6秒。
- 文職等級為3級時，逆卡巴拉能量熔毀倒計時延長10秒。
如果中央本部的文職全部死亡，那麼中央本部的文職加成就會消失。
部門常駐獎勵
在中央本部連續工作指定時間的員工，會收到中央本部的常駐獎勵，提高常駐員工的所有能力數值。
- 常駐獎勵等級為1時，所有能力數值提高1點。
- 常駐獎勵等級為2時，所有能力數值提高2點。
- 常駐獎勵等級為3時，所有能力數值提高3點。
- 精英員工所有能力數值提高5點。
一旦中央本部的常駐員工被分配到了另一個部門，那麼常駐效果就會消失。儘管中央本部在大多數時候被視為兩個部門，但中央本部的精英員工同一時間只能存在一名。
中央本部任務
證明你的能力I
在逆卡巴拉能量熔毀達到8級前通過這天
中央本部處在一個很特殊的位置。隨着時間的推移， 收容在這裡的異想體會變得愈加不穩定， 你所看過的逆卡巴拉能量熔毀指數表也證明了這一點。 請你務必不出任何差錯地完成這項任務。
證明你的能力II
在逆卡巴拉能量熔毀達到7級前通過這天
為了防止熔毀，你必須以最高效的方式指派工作， 以此減少達成當天目標的作業量。如果不這麼做， 異想體和各種各樣的危機將會變得難以控制。
證明你的能力III
在逆卡巴拉能量熔毀達到6級前通過這天
根據我們的Sephirah手冊， 一位出色的主管一定會有傑出的工作效率。 這次你能完成這項任務嗎？
證明你的能力IV
在沒有收容單元熔毀的情況下通過這天
Tiphereth總是這樣，以後還會越來越忙。 你已經幫了我們很多忙，但這是最後一次了。 好好聽着，不要讓任何收容單元發生熔毀。 如果你能做到，我才會認可你的實力。
中央本部科技
反物理立場盾
反紅色傷害立場盾
在有限時間內，為員工釋放一個能吸收紅色傷害的立場盾，但無法吸收其他類型的傷害。
實際效果：為子彈作用範圍內的所有職員提供一層生命值為50，持續時間為15秒的護盾。在該職員承受的物理傷害小於護盾的生命值時，此次傷害會被削減至0並等量減少護盾的生命值。若受到的物理傷害大於護盾的生命值，則護盾會立刻碎裂，職員會全額受到使護盾碎裂的這一次傷害。護盾在員工進入異想體的收容單元時會立刻碎裂。在已存在護盾時再次為職員提供護盾會刷新護盾的生命值和持續時間。
反精神立場盾
反白色傷害立場盾
在有限時間內，為員工釋放一個能吸收白色傷害的立場盾，但無法吸收其他類型的傷害。立場盾能暫時減少員工對外界的感知，保護其不受精神攻擊。
實際效果：為子彈作用範圍內的所有職員提供一層生命值為50，持續時間為15秒的護盾。在該職員承受的精神傷害小於護盾的生命值時，此次傷害會被削減至0並等量減少護盾的生命值。若受到的精神傷害大於護盾的生命值，則護盾會立刻碎裂，職員會全額受到使護盾碎裂的這一次傷害。護盾在員工進入異想體的收容單元時會立刻碎裂。在已存在護盾時再次為職員提供護盾會刷新護盾的生命值和持續時間。
反侵蝕立場盾
反黑色傷害立場盾
在有限時間內，為員工釋放一個能吸收黑色傷害的立場盾，但無法吸收其他類型的傷害。立場盾能封印人類肉體和精神上脆弱的開口，防止侵蝕刺入員工。
實際效果：為子彈作用範圍內的所有職員提供一層生命值為50，持續時間為15秒的護盾。在該職員承受的侵蝕傷害小於護盾的生命值時，此次傷害會被削減至0並等量減少護盾的生命值。若受到的侵蝕傷害大於護盾的生命值，則護盾會立刻碎裂，職員會全額受到使護盾碎裂的這一次傷害。護盾在員工進入異想體的收容單元時會立刻碎裂。在已存在護盾時再次為職員提供護盾會刷新護盾的生命值和持續時間。
Tiphereth提示語錄
核心抑制前
TipherethA
- 你到底有沒有在認真工作呀！難道你看不出員工 的精神污染度已經很高了嗎？
- 員工 看上去不大妙，你快點去處理好！
- 如果你多加注意的話，或許能避免員工 的死亡...可能你比上面那幾個Sephirah還要爛！
- 中央本部一區的員工 死掉了...每次看到這樣的場面都讓我好難受...
- 「異想體 」突破了收容！歷代主管在管理這些異想體的方面都比你強太多了！
- 「異想體 」逃出來了！你最好在它造成更大的傷亡之前控制住局面！
- 中央本部一區已經不復存在了...或許我才應該當主管！
- 整個一區的人都死了...你到底在幹些什麼！？
TipherethB
- 主管！員工 的精神污染度已經很高了！請您立刻檢查一下！
- 員工 看上去不太好，現在去救還來得及！
- 二區的員工 死了...我該怎麼辦？
- 中央本部二區的員工 死掉了...我...我救不了...
- 主管！已確認「異想體 」突破收容！拜託您了！
- 「異想體 」逃出來了！請您儘快控制住它！
- 中央本部二區全滅...
- 整個二區的員工都死了...我希望您有盡力...
核心抑制後
TipherethA
- 我們一區的員工 精神污染度有些高！
- 中央本部的員工 看起來不太好，快去照顧這個員工！
- 中央本部一區的員工 死了。請振作起來，很多人都指望着您！
- 員工員工 死了...每當這種情況發生時，我都很絕望...
- 「異想體 」突破了收容！我相信您能比之前的主管做得更好！
- 「異想體 」逃出了收容單元！我們最好在事態變糟之前解決它！
- 中央本部一區已淪陷...我不會放棄的，我見過更糟的事。
- 中央本部一區全員陣亡...我能說你盡力了嗎？
TipherethB
- 二區的員工 精神污染度過高！
- 中央本部的員工 看起來不太好，快派人幫忙！
- 中央本部二區的員工 死了...請您振作起來！
- 員工 死了......
- 「異想體 」突破了收容！主管，請派人來支援！
- 「異想體 」突破收容！得快點解決它！
- 中央本部二區已淪陷...請求支援。
- 中央本部二區全員陣亡，重複，中央本部二區全員陣亡...